全部商品分类
【试剂】细胞培养
>
iPSC培养>
植物细胞培养>
微生物培养>
培养基 检测培养 细菌感受态 细菌菌株 酵母菌株 酵母感受态
常规细胞培养基>
RPMI 1640 无血清培养基 羊水细胞培养基 AIM V L-15 M199 IMDM McCoy's 5A F-12 F-10 DMEM/F-12 DMEM MEM 其他培养基
血清>
胎牛血清 成牛血清 新生牛血清 马血清 小牛血清 血清替代物 其他血清
抗生素类>
杀支原体抗生素 红霉素 四环素 庆大霉素 制霉菌素 两性霉素 链霉素 青霉素 三抗(青链霉素/卡那霉素) 双抗(青链霉素) 其他 卡那霉素
细胞培养分化系统>
肝细胞分化系统 小肠上皮分化系统 平滑肌细胞分化系统 内皮细胞培养系统 Matrigel侵袭系统 平滑肌细胞增殖系统
细胞解离试剂>
胰酶 胶原酶 Dispase 细胞回收液 其他解离试剂
细胞培养添加剂>
氨基酸类 大鼠细胞因子及生长因子 小鼠细胞因子及生长因子 人细胞因子及生长因子 消泡剂 指示剂 胰岛素/转铁蛋白/硒 多聚赖氨酸 维生素 丙酮酸钠 其他细胞因子及生长因子 趋化因子 其他添加物
干细胞培养>
人干细胞培养 小鼠干细胞培养 大鼠干细胞培养 其他干细胞培养 干细胞专用血清 诱导分化培养基 干细胞鉴定 AIM V 添加剂
昆虫细胞培养>
细胞株>
人细胞系 小鼠细胞系 大鼠细胞系 昆虫细胞系 其他细胞系 人原代细胞 小鼠原代细胞 大鼠原代细胞 其他原代细胞
细胞房污染>
平衡盐溶液>
PBS D-PBS HBSS HEPES 其他缓冲体系
基质&细胞粘附>
基底膜提取物 细胞组织粘合剂 玻基结合素 肽-水凝胶 微载体 层粘连蛋白 纤维连接蛋白 胎球蛋白 粘附因子 3D细胞培养 基质 其它细胞外基质 胶原
原代细胞培养>
表皮角质形成细胞 表皮黑素细胞 成纤维细胞 血管内皮细胞 平滑肌细胞 角膜上皮细胞 乳腺上皮细胞
【试剂】分子生物学
>
转染/转化>
DNA转染试剂 siRNA/miRNA转染 RNA转染 活体转染 蛋白转染 微生物转化 其他 Ecoli感受态细胞 细菌转化
报告系统/蛋白标记定位>
Gaussia荧光素酶检测 APC/MCP载体/辅助 APC/MCP CLIP载体 CLIP-Surfase CLIP-Cell SNAP载体/辅助 SNAP-Surfase SNAP-Cell Cypridina荧光素酶载体 Cypridina荧光素酶检测 Gaussia荧光素酶载体 Vista标记物
RNAi>
siRNA定制合成服务 RNAse抑制剂 Dicer/RNaseIII与试剂盒 dsRNA体外转录合成 shRNA病毒载体构建 shRNA病毒载体 shRNA质粒载体 siRNA参照 siRNA转染试剂 siRNA文库 siRNA siRNA(验证) 辅助试剂
RNA分析>
RNA保护试剂 随机引物 RNase污染检测 RNase RNA修饰 RNA扩增 RNA探针 Northern Blot 反转录/cDNA合成 RNA加帽 体外转录+翻译 体外翻译 体外转录 RNAse抑制剂 RNA FISH RNA相关
定量PCR>
染料法通用定量PCR 探针法通用定量PCR 多重定量 定量检测 一步法qRT-PCR试剂盒 其他 引物探针合成服务 dNTP
电泳>
琼脂糖 其他辅助 上样/指示剂 蛋白染料 蛋白分子量标准 RNA染料 RNA分子量标准 核酸染料/清除 DNA分子量标准 预制PAGE胶 丙烯酰胺 预制琼脂糖凝胶/核酸 凝胶回收纯化
表达系统>
原核表达pET系列载体 哺乳动物表达系统 昆虫表达系统 病毒表达系统 多系统表达 体外表达系统 酵母表达系统
工具酶>
内切酶 硫酸化酶 重组酶 转座酶 单链DNA结合蛋白 琼脂糖酶 蜗牛酶 糖苷内/外切酶 蛋白酶 其他酶 甲基化敏感内切酶 切刻内切酶 缓冲液/稀释液 RNA连接酶 等温扩增/链置换 激酶 PCR酶 DNA聚合酶(DNA处理) RNA聚合酶 末端修饰 逆转录酶 cDNA合成试剂盒 DNA连接酶 快速连接试剂盒 RNase 核酸酶 内切核酸酶 DNA修复 拓扑异构酶 糖基化酶 甲基转移酶 肝素酶 磷酸酶 溶菌酶 限制性核酸内切酶
RT-PCR>
反转录酶 一步法RT-PCR试剂盒 两步法RT-PCR试剂盒 RNase抑制剂
核酸标记>
定量PCR双标记探针合成 定量PCR分子信标探针合成 探针标记 荧光探针/细胞染色
突变检测及转座子系统>
定点突变产品 EZ::TN™ 转座系统 体外随机插入DNA的转座子试剂盒 转座子随机插入新工具 转座体 体外DNA克隆非定向缺失转座子试剂盒 HyperMu™转座系统
荧光原位杂交>
产前诊断Vysis探针 其它种属FISH探针 小鼠探针 人探针 Vysis辅助产品 Vysis染色体探针 Vysis CEP探针 实体瘤Vysis探针 血液学Vysis探针 遗传学Vysis探针 探针配套试剂
mRNAi>
miRNA分离富集 miRNA表达分析 miRNA检测和定量 miRNA功能分析
克隆筛选>
克隆筛选 载体
文库构建>
基因组文库构建 RNA文库制备-454平台 RNA文库制备-Solid平台 RNA文库制备-illumina平台 二代测序DNA文库制备模块试剂 二代测序DNA文库制备-454平台 二代测序DNA文库制备-Ion/Solic平台 二代测序DNA文库制备-illumina平台 辅助试剂 包装蛋白 BAC文库构建 Fosmid/Cosmid文库构建 RNA文库制备模块试剂
PCR>
常规Taq 单细胞全基因组扩增 连接酶 dNTP PCR克隆 平端化 PCR产物纯化 PCR优化 全血/特殊PCR 其它PCR酶 多重PCR 基因组/GC-rich扩增 DNA Markers 超长片段PCR 高保真PCR 热启动PCR 其他
核酸纯化>
质粒提取纯化 基因组DNA分离 RNA提取纯化 病毒核酸纯化 总RNA/DNA/蛋白同步分离 DNA片段纯化 其他
测序产品>
基于Thermo Sequenase的测序产品 全自动测序试剂 手工测序试剂盒 测序用引物 测序用聚丙烯酰胺凝胶系列 测序辅助产品 测序服务 新一代测序(NGS)
Genome Biology:中科院植生所张蘅研究组揭示染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能

张蘅 / 2017-06-10

      摘要 : 2017年5月31日,国际著名学术期刊《Genome biology》在线发表了中国科学院上海植物逆境生物学研究中心张蘅研究组题为“The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation patterns at RNA-directed DNA methylation loci”的研究论文。

2017年5月31日,国际著名学术期刊《Genome biology》在线发表了中国科学院上海植物逆境生物学研究中心张蘅研究组题为“The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation patterns at RNA-directed DNA methylation loci”的研究论文。该研究揭示了染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化过程中的重要调控作用。杨荣博士是该文章的第一作者,张蘅研究员为通讯作者。

在植物中,RNA介导的DNA甲基化(RdDM)是一种重要的建立全新DNA甲基化式样和转录基因沉默的机制,通过小干扰RNA(siRNA)与支架RNA(scaffold RNA)的碱基配对引导DNA甲基转移酶到特定的位点进行全新DNA甲基化。RdDM在外源基因沉默、维持基因组稳定性、生殖细胞DNA甲基化模式建立等生物学过程中起重要作用,解析其分子机理对于实现特定基因的转录沉默或激活具有重要意义。

在这项研究中,张蘅研究组通过正向遗传学筛选到了两个新的参与转基因沉默的突变体。图位克隆发现这两个突变体是由于一个重要的发育调控基因PICKLE(PKL)功能缺失造成的。全基因组甲基化分析发现PKL影响大约一半RdDM位点的正常DNA甲基化,其中上升和下降的位点大致相当。在RNA介导的DNA甲基化过程中,DNA甲基化的位点特异性主要由两类非编码rna界定:小干扰RNA(siRNA)和支架RNA(scaffold RNA),分别由植物特有的RNA聚合酶Pol IV和Pol V参与生成。因此研究人员也分析了全基因组的小干扰RNA和特定位点的支架RNA水平。他们发现在pkl突变体中,部分位点的DNA甲基化水平的变化伴随着相同趋势的小干扰RNA水平和支架RNA水平的变化。同时PKL还促进多个受Pol V调节的核小体的定位,说明与Pol V相关的功能可能受到了影响。

通过分析mRNA转录组与全基因组DNA甲基化的相关性,研究人员发现在pkl突变体中,虽然一定数量的转座子和基因的转录产物上升伴随着DNA甲基化的下降,大部分位点的DNA甲基化变化不足以释放转录沉默。因此研究人员设想,在RdDM的靶位点区域,PKL能够通过其核小体重塑活性改变染色质环境,从而影响非编码RNA的产生和转录沉默。此论文揭示了CHD家族蛋白PKL在RNA介导的DNA甲基化过程中的作用并暗示RNA聚合酶Pol IV/V可以使用与Pol II相同的染色体重塑因子进行转录调控。


原文链接:

The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation patterns at RNA-directed DNA methylation loci

原文摘要:

Background

The chromodomain helicase DNA-binding family of ATP-dependent chromatin remodeling factors play essential roles during eukaryote growth and development. They are recruited by specific transcription factors and regulate the expression of developmentally important genes. Here, we describe an unexpected role in non-coding RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana.

Results

Through forward genetic screens we identified PKL, a gene required for developmental regulation in plants, as a factor promoting transcriptional silencing at the transgenic RD29A promoter. Mutation of PKL results in DNA methylation changes at more than half of the loci that are targeted by RNA-directed DNA methylation (RdDM). A small number of transposable elements and genes had reduced DNA methylation correlated with derepression in the pkl mutant, though for the majority, decreases in DNA methylation are not sufficient to cause release of silencing. The changes in DNA methylation in the pkl mutant are positively correlated with changes in 24-nt siRNA levels. In addition, PKL is required for the accumulation of Pol V-dependent transcripts and for the positioning of Pol V-stabilized nucleosomes at several tested loci, indicating that RNA polymerase V-related functions are impaired in the pkl mutant.

Conclusions

PKL is required for transcriptional silencing and has significant effects on RdDM in plants. The changes in DNA methylation in the pkl mutant are correlated with changes in the non-coding RNAs produced by Pol IV and Pol V. We propose that at RdDM target regions, PKL may be required to create a chromatin environment that influences non-coding RNA production, DNA methylation, and transcriptional silencing.

doi:10.1186/s13059-017-1226-y

 


网络转载来源“生物帮”

温馨提示

确定取消
温馨提示

关闭
您尚未登录

用户登陆

立即注册
忘记密码?